Mons. Francesco Montenegro è nato a Messina il 22 maggio 1946.
 Terminati gli studi ginnasiali, liceali, filosofici e teologici presso il Seminario arcivescovile "San Pio X" in Messina, ha ricevuto l'Ordinazione presbiterale l'8 agosto 1969. Dopo l'ordinazione, ha continuato gli studi presso l'Ignatianum di Messina; dal 1969 al 1971 ha esercitato il ministero in una zona periferica della città; dal 1971 al 1988 è stato segretario particolare degli arcivescovi metropoliti di Messina, Fasola e Cannavò.
 Dal 1988 al 1998 è stato Parroco della Parrocchia di San Clemente in Messina; dal 1988 Direttore della Caritas diocesana, Delegato regionale della Caritas e rappresentante regionale della Caritas nazionale.
 E' stato anche docente di religione, Assistente diocesano del Centro Sportivo Italiano (C.S.I.), Direttore diocesano dell'Apostolato della Preghiera, Mansionario del Capitolo dell'Archimandritato, Rettore della Chiesa-Santuario di Santa Rita e padre spirituale del Seminario minore, Membro del Consiglio presbiterale.
 Per tre anni, dal 1997 al 2000 è stato pro-Vicario Generale dell'Arcidiocesi di Messina e dal 1998 Canonico del Capitolo Protometropolitano della Cattedrale di Messina.
 Il 18 marzo 2000, Papa Giovanni Paolo II lo ha eletto alla Chiesa titolare di Aurusuliana e nominato ausiliare dell'Arcidiocesi di Messina-Lipari-Santa Lucia del Mela, ricevendo la consacrazione episcopale il 29 aprile 2000, dalle mani dell'Arcivescovo Giovanni Marra (co-consacranti l'Arcivescovo Ignazio Cannavò e il Vescovo Francesco Sgalambro).
 Il 23 febbraio 2008, Papa Benedetto XVI, l'ha nominato Arcivescovo Metropolita di Agrigento.
 Attualmente è Presidente della Commissione episcopale della Conferenza episcopale italiana (C.E.I) per il servizio della carità e la salute; Presidente della Caritas italiana; Presidente della Consulta nazionale per la pastorale della sanità; Presidente della Consulta ecclesiale degli organismi socio-assistenziali.